Ekologijos skyriuje dirba 8 darbuotojai: 6 mokslininkai, inžinierius, laborantas. Studijuoja doktorantas.
Skyriuje nagrinėjami naujausi gyvulių ir paukščių auginimo būdai ir gyvulininkystės pastatų technologinės eksploatacijos galimybės, ekologinio gyvulių auginimo technologijos, gyvūnų etologijos, cheminių ir bakterinių teršalų susidarymo bei plitimo į aplinką procesai iš žemės ūkio gyvulių ir paukščių fermų, taršos gyvulininkystėje mažinimo priemonės. Vykdomi naminių paukščių veislių, genetinių linijų ir populiacijų genetinės įvairovės tyrimai.
    Teikiamos mokslinės paslaugos:
    • zoohigieninių sąlygų fermose vertinimas;
    • fermų ir mėšlidžių projektų ekspertizės;
    • konsultacijos žemės ūkio gyvulių ir paukščių auginimo klausimais.

    Istorija
    Lietuvos mokslų akademijos Prezidiumo 1952 m. rugpjūčio 12 d. nutarimu Nr. 23 įsteigtame Lietuvos gyvulininkystės ir veterinarijos institute buvo įkurtas ir Zoohigienos sektorius, kuriam 1952-1954 m. vadovavo Vytautas Elisonas. Nuo 1955 iki 1969 m. skyriui vadovavo Bronius Kubilius. Savo veiklos pradžioje skyrius pagrindinį dėmesį kreipė į tipinių gyvulininkystės pastatų zoohigieninį įvertinimą. 1956 m. institutą reorganizavus ir perdavus LTSR Žemės ūkio ministerijos žinion, jame savo veiklą tęsė ir Zoohigienos skyrius.
    Nuo 1969 metų Zoohigienos skyriui vadovo dr. Feliksas Zakas. Zoohigieniniai moksliniai tyrimai buvo susiję su tuo metu naujais Lietuvoje gyvulių ir paukščių laikymo būdais, tipiniais ir eksperimentiniais gyvulininkystės pastatais.
   1971 metais skyrių reorganizavus į Galvijininkystės skyriaus Galvijininkystės organizavimo sektorių (vadovas – dr. Feliksas Zakas) bei Kiaulininkystės organizavimo sektorių Kiaulininkystės skyriuje (vadovas – prof. Juozas Šveistys), zoohigieniniai tyrimai taip pat buvo tęsiami. Pagrindinė Galvijininkystės organizavimo sektoriaus darbo kryptis buvo galvijų laikymo technologijų tobulinimas. Buvo tiriamos besaičio boksinio ir kombiboksinio karvių laikymo sistemos, tikslinami karvidžių vidaus įrengimo pagrindiniai parametrai, mėšlo šalinimo iš karvidžių technologijos. Pagrindinis dėmesys buvo skiriamas zootechniniam pieninių galvijų įvertinimui ir pramoninio tipo pieno fermose laikomų gyvulių etologiniams tyrimams, galvijų, laikomų pramoninėse ir veislinėse fermose, auginimo technologijų tobulinimui.
   Kiaulininkystės organizavimo sektoriuje prof. Juozo Šveisčio iniciatyva buvo paruošta ir įdiegta į gamybą nauja paršavedžių laikymo ir paršelių žinduklių auginimo technologija, tiriami, konstruojami ir įdiegiami specialūs gardai kiaulių auginimui vienfaziu ir dvifaziu būdu. Buvo tiriama kiaulių mėsinių savybių priklausomybė nuo technologinių stresų. Ruošiamos ekologiniu požiūriu švaresnio kiaulių auginimo technologijos, tiriamos gamybos procesams mažiau energijai imlios technologijos, lokalinio gardų apšildymo nešildomose kiaulidėse galimybės, pradėti senųjų Lietuvos veislių arklių, galvijų, kiaulių, avių ir žąsų išsaugojimo darbai.
   2000 metais Galvijininkystės ir Kiaulininkystės organizavimo sektoriai buvo panaikinti, o jų vietoje įkurtas Zoohigienos ir ekologijos skyrius, kuriam vadovavo dr. Gediminas Vaičionis. Nuo 2006 metų skyriui vadovauja dr. Remigijus Juška.

Mokslinė veikla
    Mokslinė-tiriamoji veikla sukoncentruota į dvi kryptis: tiriama aplinkos faktorių įtaka žemės ūkio paskirties gyvūnų fiziologiniai būklei ir produktyvumui bei aplinkosauginės problemos gyvulininkystės ir paukštininkystės fermose.
   Šiuo metu vykdomos trys mokslinės temos:
   Auginimo sąlygų įtaka kiaulių produktyvumui ir gerovei.
   Tiriama kiaulių auginimo aplinkos įtaka jų produktyvumui, skerdenos ir mėsos kokybei.
   Ūkinės paskirties gyvūnų elgsenos tyrimai.
   Tiriama įvairių aplinkos sąlygų įtaka žemės ūkio paskirties gyvūmų elgsenai
   Ankštinių augalų grūdų lesaluose įtakos kalakutų produktyvumui bei mėsos kokybės tyrimai.
   Tiriama įvairaus žirnių kiekio vietoje sojų rupinių lesale įtaka sunkaus tipo krosų kalakutų produktyvumui, lesalų sąnaudoms, anatominio skerdenos išdarinėjimo rodikliams, krūtinės ir šlaunelių raumenų cheminės sudėties rodikliams, fiziniams krūtinės raumenų rodikliams bei riebalinių rūgščių sąstatui abiejuose raumenyse.

Studijos
    Skyriuje studijuoja doktorantas, kuris vykdo mokslinį darbą tema
„Aplinką teršiančių dujų emisijos mažinimo iš skysto ir pusiau skysto mėšlo priemonių taikymo efektyvumas Lietuvos sąlygomis“. Vadovė - dr. Violeta Juškienė.

Tarptautiniai ryšiai ir bendradarbiavimas
    Skyriaus darbuotojai palaiko ryšius ir bendradarbiauja su Švedijos žemės ūkio universitetu, Archus universitetu (Danija), Norvegijos žemės ūkio universitetu, Slovakijos gyvulininkystės institutu, Lenkijos nacionaliniu gyvulininkystės mokslinio tyrimo institutu, Viduržiemio jūros regiono agronominių tyrimų institutu Zaragozoje (Ispanija), Prancūzijos žemės ūkio tyrimų centru (INRA), Novi Sad universiteto Maisto institutu (Serbija), Wageningeno universitetu (Olandija), Kostinbrodo gyvulininkystės institutu (Bulgarija), Nacionaliniu gyvūnų mitybos ir biologijos institutu (Rumunija), Lietuvos respublikos žemės ūkio rūmais, Lietuvos žemės ūkio konsultavimo tarnyba, Lietuvos gyvulių augintojų asociacijomis.

Vykdomi projektai
    Skyriaus mokslininkai dalyvauja projektuose:
    FP7-REGPOT-2007-3 projektas FEED-TO-FOOD „Reinforcement of FEED-TO-FOOD Research Center at Institute for Food Technology of Novi Sad“. 2007-2011 m. Projekto tikslai: plėtoti Balkanų ir Europos Sąjungos šalių bendradarbiavimą, stiprinti mokslinių tyrimų techninę bazę ir mokslininkų kompetenciją.
    FP7-REGPOT-2007 projektas BALTFOODQUAL, „Unlocking Animal Food Quality Research Potential in Baltic Region by Developing Scientific and Technical Capacities of the Research Institute “Sigra”. 2007-2011 m.
    "Pašarų sauga - maisto sauga", 2010-2011; LŽŪKT/NMA/LSMU VA GI. Bendras tikslas – skatinti mokslo žinių ir inovacinės praktikos sklaidą tradicinės ir ekologinės gyvulininkystės ūkiuose ir didinti jų konkurencingumą, demonstruojant moksliškai pagrįstų technologijų taikymo gamyboje aplinkosauginę ir ekonominę naudą. Specifinis tikslas – diegti pašaruose esančių mikotoksinų nukenksminimo priemones tradicinės ir ekologinės gyvulininkystės ūkiuose, siekiant paskatinti gyvulininkus rinktis aplinkai saugiausią ir jų ūkiui ekonomiškai racionaliausią pašarų paruošimo būdą.
    „Nitratų direktyvos įgyvendinimas", 2010-2011, LŽŪKT/NMA/LSMU VA GI. Darbo tikslas yra ištirti įvairių priemonių panaudojimo įtaką kraiko ir mėšlo mikroflorai, azoto kiekiui mėšle bei amoniako išsiskyrimui esant skirtingoms karvių ir prieauglio laikymo (šiltuose tipiniuose saitiniuose ir šalto tipo boksiniuose ir šalto tipo gilaus kraiko tvartuose), šėrimo, mėšlo šalinimo ir kaupimo technologijoms galvijų fermose. Taip pat nustatyti šių priemonių efektyvumą karvių mastitų profilaktikai, tam tikriems pieno kokybės rodikliams.
    „Europos Sąjungos paramos gyvulininkystės ūkių plėtrai ir poveikio gyvenimo kokybei kaime analizė", 2010. LSMU VA GI/NMA. Lietuvos kaimo plėtros 2007-2013 metų programos priemonė „Techninė pagalba“ veiklos sritis „Nacionalinis kaimo tinklas“ metinių veiksmų plano veiklos sritis „Žemės ūkio maisto ūkio ir kaimo plėtros patirties ir pokyčių nustatymas, rinkimas, susisteminimas, analizė, apibendrinimas ir pasiūlymų teikimas“. Tikslas - nustatyti ir įvertinti dabartinę gamybinę situaciją šalies gyvulininkystės sektoriuje ir parengti gyvulininkystės ūkio plėtros prognozes bei numatyti pagrindines tendencijas Lietuvoje, vykdomų kaimo plėtros priemonių kontekste.
    „Rekomendacijos ūkininkams dėl prisitaikymo priemonių prie numatomo klimato ekstremalumo didėjimo", ŽŪR/ERPI/LŽŪU/LAMMC ŽI/LSMU VA GI 2010-2011. Tikslas - paruošti rekomendacijas Lietuvos ūkininkams dėl prisitaikymo priemonių prie numatomo klimato ekstremalumo didėjimo. Parašyta ir priduota tarpinė ataskaita.
    Lietuvos kaimo plėtros 2007-2013 metų programos priemonės „Profesinio mokymo ir informavimo veikla“ veiklos srities „Žemės ir miškų ūkio veiklos ir žemės ūkio produktų perdirbimo ūkyje mokslo žinių ir inovacinės praktikos sklaida“ projektas „Importuojamų žaliavų pakeitimas vietiniais komponentais paukščių racionuose“ Nr. 1PM – KS – 07 – 1 – 001568 – PR001. Tikslas - ištirti vietinių baltyminių lesalų komponentų įtaką ir optimalų jų panaudojimo kiekį vietoje sojų pupelių rupinių kalakučiukų auginimui. Nustatyta vietinių baltyminių lesalų komponentų įtaka ir jų kiekio lesale poveikis kalakutų svoriui ir prieaugiui, lesalų sąnaudoms 1 kg gyvojo svorio priaugti bei racionų su vietiniais lesalais ekonominis efektyvumas.